Символ материнского лона, как индивидуальный, так и социальный (войти в пещеру — вернуться в лоно матери-земли), женское начало, чрево, убежище, укрытие, вместилище богов, вход в загробный мир, олицетворение бессознательного; по К. Г. Юнгу, пещера символизирует тайну.

Пещера — средоточие, центр мира, его сердце, место встречи божества с человеком, место инициации. Графема пещеры — направленный вниз равнобедренный треугольник. Как часть горы, пещера обладает толикой семантики последней — в частности, представляет собой низ в вертикальной проекции мироздания.

В мифах и фольклоре часто упоминаются чудовища, стерегущие вход в пещеру; чтобы проникнуть внутрь, герой должен победить чудовищ, то есть пройти инициацию. Тем самым пещера получает значение порога, границы между миром живых и загробным миром, космосом и хаосом. Прохождение через пещеру олицетворяет изменение состояния, достигаемое через преодоление опасных сил.

В митраизме пещера — «миниатюра» мироздания, сотворенного Митрой; поэтому митраистские обряды проводились именно в пещерах. Также в пещерах устраивались мистерии Элевсина.

Дарующие жизнь воды Нила вытекают из пещеры, которая в «Текстах Пирамид» связывается с «залом справедливости», местом суда Осириса. В «Книге нижнего мира Амдуат» шестой час ночи называется «трупом Осириса» (нижняя точка суточного пути Солнца), седьмой час, под названием «пещера Осириса», указывает на точку поворота; в двенадцатый час бог Солнца (Ра) должен наконец проползти через змею длиной в 1300 локтей (узкая горловина пещеры) и вновь родиться в «образе Хепри».

Вид пещер Аджанты в штате Махараштра в Западной Индии. Монашеские общины превратили эти природные пещеры в один из самых важных и богато украшенных памятников Индии.

Из пещеры вещает божество: ср., например, греческие легенды об оракуле Трофония, в пещере которого человек, узнавший от прорицателя свою судьбу, погружался в состояние безотчетного ужаса. Гроты и гротовые храмы — созданные людьми подобия естественных пещер (в Египте — Абу-Симбел; в Индии — Аджанта, Эллора). В христианской иконографии вифлеемский хлев изображается в виде скального грота, усыпальница Христа также представляет собой гробницу-пещеру, высеченную в скале. По легенде, евангелист Иоанн получил свое Откровение в пещере на острове Патмос.

Платон трактовал пещеру как иллюзию: человек, находящийся в пещере, способен узнать лишь тени идей. В народных сказаниях пещеры — обиталища гномов, горных духов и стерегущих сокровища драконов. В пещерах под курганами спят в ожидании того мига, когда вновь понадобятся своему народу, Карл Великий и Фридрих Барбаросса.

В символике зодчества ниши часто знаменуют собой воплощение «мировой пещеры», включенной в великий космос. Такая трактовка распространяется и на христианский придел, и на мусульманский михраб.

В психоанализе образ пещеры толкуется как проявление регрессивных желаний подсознания.